
В качестве конструктора и технического руководителя принимал участие в ряде перспективных программ создания авиационной техники военного и гражданского назначения. Среди них: истребители Су-27, Су-30, истребитель палубного базирования Су-33. Как главный конструктор руководил работами по созданию перспективного боевого комплекса с крылом обратной стреловидности Су-47, совершившего в сентябре 1997 года первый полет и успешно проходящего летные испытания. В ходе проектирования Су-47 были проведены масштабные исследовательские работы в области аэродинамики, прочности, композиционных материалов с применением современных методов компьютерного моделирования и испытаний. Полученные результаты испытаний Су-47 используются в создании перспективных авиационных комплексов военного и гражданского назначения.
С марта 1998 года - Генеральный директор ФГУП «Авиационный военно-промышленный комплекс «Сухой». В сентябре 2003 года Распоряжением Правительства РФ назначен Генеральным директором ОАО «Авиационная холдинговая компания «Сухой», объединяющего разработчика и производителей самолетов марки «Су». В настоящее время является Первым Вице-президентом по координации программ ОАО «Объединенная авиастроительная корпорация» и Председателем Советов директоров ОАО «ОКБ Сухого» и ОАО «Комсомольского-на-Амуре авиационного производственного объединения имени Ю.А.Гагарина».
Под руководством М.А.Погосяна в рамках холдинга «Сухой» ведется работа по модернизации и созданию перспективных образцов новой авиатехники. В апреле 2002 года решением госкомиссии «Сухой» был объявлен победителем конкурса и определен головным разработчиком программы по созданию перспективного авиационного комплекса фронтовой авиации.
Под руководством Погосяна холдинг «Сухой» начал работы по созданию гражданского самолета. В марте 2003 года «Сухой» выиграл конкурс на создание пассажирского самолета для региональных линий, получившего название Russian Regional Jet и позднее переименованного в Sukhoi Superjet 100.
За личный вклад в создание истребителя Су-33, принятого на вооружение Военно-Морского Флота России, в 2002 году награжден Орденом Почета.
М.А.Погосян является автором 11 патентов и изобретений, 14 научных трудов, удостоен звания лауреата Государственной премии РФ в 1997 году и лауреата премии Правительства РФ в 1998 году. Член-корреспондент Российской Академии наук. Доктор технических наук, зав. кафедрой Московского авиационного института.